、最上义守、大友宗麟、近卫前久五人联合奏请。
京极高政“无奈”宣布成立总督府，京极高政出任总督，总揽天下事。
同一时间，总督府章程颁布。
除总督府外，另设众议院、监察院两个机构。
众议院为中央机构，分上下两个议院。
上议院常设议员五人，分别由上杉政虎、伊达晴宗、最上义守、大友宗麟、近卫前久出任。
下议院三十五人，大名二十五人，公卿十人。
二十五名出任议员的大名分别是岛津、佐竹、里见、尼子、毛利、葛西、浦上、赤松、筒井、畠山、织田、斯波、武田、井伊、小笠原、一条、相良、芦名、河野、山名、一色、土岐、姊小路、伊东、肝付。
十名公卿则是三条、二条、鹰司、九条、一条（京都一条）、今出川、飞鸟井、西园寺、花山院、三条西。
监察院的职责是监查百官，设院正一名，监察大使三人，并于各令制国分派监察使一人，监察地方。
第一任院正为京极高吉，监察大使三人为真田幸隆、明智光秀、沼田光和。
这四人是监察院的主官，总揽各地监察使。
这俩个是中央机构。
地方机构则保留原有令制国，所辖领地为整国或者多国的大名直接出任该国国守。
比如岛津氏为萨摩守、斯波氏为骏河守、土岐氏为美浓守等。
国守需入驻伏见城奉公，享有对领国的支配权，但领国的经营由守护负责。
像陆奥、出羽、播磨这种大名众多的领国，则另选他人出任权守。
权守没有领国的支配权，只享有一定的俸禄，也需留在京都奉公。
同时，京极高政将天下划分为九州府、西国府、中国府、近畿府、四国府、北陆府、东国府、关东府、奥羽府9个府，统归总督府直接管辖。
九州府管领为大友宗麟，西国府管领为尼子五郎兵卫，中国府管领为京极高景（此后中国府管领由京极家继承人出任），北陆府管领织田信长，东国府管领上坂宗信，关东府管领上杉政虎，奥羽府管领仙北公方足利政直，近畿府管领则由京极家亲蕃御三家大名轮流出任。
所谓御三家，为京极家亲蕃大名之首，分别是细川、土岐、尼子三家。
与历史上的德川幕府相似，在正式场合与书信中准许用京极苗字，且京极氏嫡流断嗣之时可从这三家选择继承人。
御三家之下有御三卿三人，由京极家三个谱代家老出任，分别是上坂宗信、矶野员昌、赤尾清纲。