当晚病逝；满仁亲王得知消息，连夜召见藤堂高虎、武田胜亲及后藤基次等谋臣，众人皆以为此乃天赐良机，遂召见时任关白菊亭良季（秀保侧室菊亭持子长兄）如伏见宫，告知后水尾天皇殡天，菊亭良季大惊，不知所措；藤堂高虎建议满仁一不做二不休，矫诏称帝；菊亭良季深以为是，遂草拟遗诏，依计行事，史称“丙寅之变”；
三月二十一，菊亭良季护送后水尾天皇遗体返回京都御所。召集诸公卿宣读诏书，满仁亦命令光国和利仁率兵进京“稳定局势”；朝堂之上，菊亭矫称后水尾去世前以秀保为皇太弟，令其继承皇位；公卿大惊。然敢怒不敢言，且后水尾失独子，以秀保为皇有益于提高公卿待遇，增强皇权，思忖之后对此予以默认；满仁大喜，当即派人前往大明迎接秀保回国；
三月二十二，泰昌帝病故，委托秀保照顾天启帝，秀保婉拒，推荐袁可立、熊廷弼入京辅命；
三月二十五。那须资吉抵达京师，将京都之事告知秀保，秀保无奈黄袍加身，只好返回京都；
四月十五日，秀保于京都登基称帝。改年号为“皇统”，定伏见为陪都，立满仁为太子，利仁为伏见宫亲王；
五月至次年三月间，秀保按照大名宗藩制度进行改革，史称“皇统革新”；
1敕封嫡子为内亲王，利仁为恭亲王；
2敕封庶子为国亲王。河内光国为江（州）亲王、河内政国为势（州）亲王、丰臣胜国为浓（州）亲王、丰臣秀赖为摄（州）亲王；
3敕封秀次、秀赖（庶子）、庶孙一脉子孙为郡王，丰臣秀房为爱知郡王、丰臣秀光（秀赖庶长子）为南郡郡王、毛利元清为沼田郡王；
4敕封主要盟友及家臣为国公，宇喜多秀家为备国公、前田利政为贺国公、蒲生秀行为岩国公、德川忠直为总国公、池田利隆为越国公、浅野长晟为前国公、藤堂高虎为周国公、岛清兴为因国公；
5二十万石以上、三十万石以下其他大名敕封为郡伯，如福岛高吉为明石伯、那须资吉为足羽侯；
6十万石以上、二十万石以下大名敕封为城侯，如后藤基次为鹿岛侯、九鬼守隆鸟羽侯；
7十万石以下大名无爵位，但若是王土奉还。可根据实际情况赐予响应爵位的待遇，如美浓本巢藩（八万石）主织田秀雄最先奉还领地，秀保于京都为其建造屋敷，给予郡伯待遇。
此外，秀保还规定。郡伯或享有郡伯待遇以上的大名可与皇室通婚，大名间联姻需要奏明朝廷，否则当解除婚约。
皇统元年1627
五月