可事已至此又能怎样呢？至少秀保表面上明确了自己出自源氏的身份，在外人看来，也算是消除了一些丰臣旧臣的疑虑吧。况且这一切皆起于“七臣上书”，再这般咄咄逼人，只会加剧与秀保的矛盾，更有甚者可能成为某些大名手中的枪，不明不白地成为替死鬼。
于是乎，在异常沉寂的气氛中，秀保完成了家格的转变，菊亭晴季等人也随即开始运作。庆长八年三月初三（1603年），朝廷正式颁布敕令，敕封秀保为源氏长者，充淳和、奖学两院别当，为后续开幕奠定了基础。八月初，朝廷欲派遣使者前往伏见进行征夷大将军宣下，为与“安土桃山时代”割裂，经秀保恳请，朝廷遂于十五日改往郡山城宣旨，同时令秀保兼任右近卫大将、右马寮御监。
至此，秀保以“正二位左大臣右近卫大将征夷大将军右马寮御监淳和、奖学两院别当源氏长者”的身份和地位在郡山开幕，该幕府史称“郡山幕府”，也有人称之为“河内幕府”或“羽柴幕府”。虽于郡山开幕，但秀保仍在伏见处理政务，而由嫡子坐镇郡山；全国大名闻讯纷纷前来朝贺，石田三成未曾想自己竟然促成秀保成为武家栋梁，无奈之下只好称病派遣嫡子前去道贺。这一年，秀保在全国范围内再次进行检地，全国石高从庆长三年太阁检地时的一千八百万更正为两千两百万。